《夜之小双侠》以系列作品中的反派角色“杜伦布贼党”的后裔为主人公。小双侠在打败杜伦布后所建立的王国并非如此美好，相反地却让人民饱受苦难。新生杜伦布的首领继承了多龙芝之名，向小双侠发动了复仇…..
故事发生在美丽的不可思议星球上，这颗和平的星球上有七个国家，每一个国家各司其职，维系着这颗星球平稳的转动着。然而某一日，身为星球中心的太阳王国之中却发生了异常，这也就意味着，这颗星球在极短的时间内就将要崩溃。此时，法音（小岛惠美 配音）和莲音（后藤邑子 配音）两位太阳果的公主出现了，拯救了这次危机。 之后，两人离开了太阳星球，来到了皇家奇迹星球，在这里，树立着皇家奇迹学校，在这所学校里就读的，是来自与各国的公主与王子们，他们要在此取得成为皇后与国王的资格，方可毕业回国。学校里的课业紧张，竞争激烈，法音和莲音能否承受住压力，坚持到最后呢？
本片主角伍六七原本在小鸡鸟上生活得无忧无虑,但因为失忆所以其身份成迷。随看外来者登入小岛认出了伍六七,各种阴谋也开始笼罩小鸡岛。于是伍六为了保护伙伴和他们的家园,决定回到玄武国迎接自己的宿命。
明日岛虽然鼓励创新，但新技术存在着很高的风险，同时明日岛也面临着很多自然灾害。面对各种危机，由代表科学（S）的赛拉斯、技术（T）的甜甜、工程（E）的爱迪、艺术（A）的阿力、数学（M）的曼妮莎和运动（！）的小金组成的超学先锋就会挺身而出，赶往救援的第一线。在塞拉斯的指挥下，队员们分工合作，利用各种科学知识解决各种麻烦。在处理危机的过程中，队员们可能会产生观点和行动上的分歧，但最后大家总能坚持团结合作精神，并找到解决问题的最佳方案。而人工智能百变校巴作为超学先锋的重要成员，也会变身各种工程车，助力救援行动。
